{"id":83816,"date":"2016-04-06T10:17:49","date_gmt":"2016-04-06T13:17:49","guid":{"rendered":"http:\/\/www.redenoticia.com.br\/noticia\/?p=83816"},"modified":"2016-04-05T22:42:42","modified_gmt":"2016-04-06T01:42:42","slug":"o-uso-da-bioinformatica-no-estudo-de-doencas-complexas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/migracao.redenoticia.com.br\/noticia\/2016\/o-uso-da-bioinformatica-no-estudo-de-doencas-complexas\/83816","title":{"rendered":"O uso da bioinform\u00e1tica no estudo de doen\u00e7as complexas"},"content":{"rendered":"

Karina Toledo, de Columbus (EUA) | Ag\u00eancia FAPESP \u2013 Ferramentas de bioinform\u00e1tica<\/strong><\/em> t\u00eam sido usadas por pesquisadores da Universidade Federal do ABC (UFABC) e da Universidade de S\u00e3o Paulo (USP) para modelar redes de intera\u00e7\u00e3o entre genes, desvendar rela\u00e7\u00f5es funcionais e, dessa forma, identificar potenciais alvos para o tratamento de doen\u00e7as complexas, como esquizofrenia, autismo e c\u00e2ncer.<\/p>\n

Avan\u00e7os nessa \u00e1rea foram apresentados pelo professor do Centro de Matem\u00e1tica, Computa\u00e7\u00e3o e Cogni\u00e7\u00e3o (CMCC) da UFABC David Corr\u00eaa Martins Junior, no dia 31 de mar\u00e7o, em Columbus, Estados Unidos, durante a programa\u00e7\u00e3o da FAPESP Week Michigan-Ohio. O evento, que terminou na sexta-feira (1\u00ba\/4), teve o objetivo de fomentar a colabora\u00e7\u00e3o entre pesquisadores paulistas e norte-americanos.<\/p>\n

Parte dos resultados tamb\u00e9m foi publicada em artigos nos peri\u00f3dicos e .<\/p>\n

“Uma mesma doen\u00e7a complexa pode se manifestar de formas muito diferentes em cada paciente, com diversos graus de gravidade. O objetivo desse tipo de estudo \u00e9 poder oferecer um tratamento individualizado, considerando essas particularidades”, explicou Martins Junior em entrevista \u00e0 Ag\u00eancia FAPESP.<\/p>\n

Os estudos s\u00e3o baseados tanto em dados cl\u00ednicos \u2013 de express\u00e3o g\u00eanica, intera\u00e7\u00e3o entre prote\u00ednas e metila\u00e7\u00e3o de DNA \u2013 depositados em bancos p\u00fablicos, como em dados de pacientes atendidos por colaboradores, como, por exemplo, a professora Helena Brentani, do Instituto de Psiquiatria da USP, que trabalha com portadores de autismo.<\/p>\n

Conceitos da teoria de grafos e de redes complexas, aliados a ferramentas de bioinform\u00e1tica, permitem, por exemplo, comparar em portadores de uma determinada doen\u00e7a e em indiv\u00edduos controle a express\u00e3o dos genes e sua centralidade nas redes g\u00eanicas. Tamb\u00e9m \u00e9 poss\u00edvel comparar dados de pacientes com a mesma doen\u00e7a, mas com diferentes graus de gravidade, ou, ainda, avaliar como a express\u00e3o dos genes e a estrutura de uma rede g\u00eanica em uma mesma pessoa se modifica em diferentes contextos e momentos. A ideia \u00e9 tentar desvendar como os genes est\u00e3o conectados e como esse circuito controla as diversas fun\u00e7\u00f5es celulares.<\/p>\n

“Quando n\u00e3o sabemos a fun\u00e7\u00e3o de um gene, podemos tentar comparar a express\u00e3o dele ou a estrutura de sua vizinhan\u00e7a na rede g\u00eanica com outros que apresentam um sinal parecido e cuja fun\u00e7\u00e3o \u00e9 conhecida e, assim, formular hip\u00f3teses. Se temos um gene-alvo e queremos saber em que medida a sua express\u00e3o depende do sinal de outros genes, podemos usar ferramentas como infer\u00eancia de redes g\u00eanicas ou prioriza\u00e7\u00e3o g\u00eanica”, contou Martins Junior<\/p>\n

Segundo o pesquisador da UFABC, genes que j\u00e1 foram associados a doen\u00e7as em estudos anteriores podem servir como ponto de partida para as an\u00e1lises. “Podemos avaliar quais outros genes est\u00e3o mais associados a eles em termos de express\u00e3o e em termos da estrutura conectiva. Provavelmente eles tamb\u00e9m estar\u00e3o envolvidos na doen\u00e7a em quest\u00e3o”, disse.<\/p>\n

Em um trabalho desenvolvido durante o doutorado de Sergio Nery Sim\u00f5es no programa de p\u00f3s-gradua\u00e7\u00e3o em Bioinform\u00e1tica da USP, foi desenvolvida uma ferramenta chamada NERI (NEtwork Medicine Relative Importance), que integra dados de express\u00e3o g\u00eanica, redes de intera\u00e7\u00e3o entre prote\u00ednas e dados de estudos de associa\u00e7\u00e3o (genes sabidamente associados a uma determinada doen\u00e7a) para identificar novos genes que tamb\u00e9m podem estar associados \u00e0 enfermidade em an\u00e1lise.<\/p>\n

“Fizemos um estudo de caso usando bancos de dados p\u00fablicos de esquizofrenia e vimos que muitos dos genes obtidos pela ferramenta NERI estavam associados \u00e0 chamada via glutamat\u00e9rgica, respons\u00e1vel pela transmiss\u00e3o e recep\u00e7\u00e3o de neurotransmissores durante as sinapses neuronais. Tal via \u00e9 bastante citada na literatura como associada \u00e0 doen\u00e7a. Isso sugere que outros genes identificados pela ferramenta tamb\u00e9m t\u00eam potencial para estar relacionados com a esquizofrenia”, explicou Martins Junior.<\/p>\n

As pesquisas do grupo s\u00e3o apoiadas pela FAPESP por meio de dois Projetos Tem\u00e1ticos \u2013 um coordenado por \u00a0no Instituto de Matem\u00e1tica e Estat\u00edstica (IME) da USP e outro por , tamb\u00e9m no IME-USP. H\u00e1 ainda um Aux\u00edlio \u00e0 Pesquisa \u2013 Regular coordenado por \u00a0no CMCC-UFABC.<\/p>\n

An\u00e1lise de redes sociais<\/p>\n

No mesmo painel dedicado ao tema “Bioinform\u00e1tica e An\u00e1lise de Dados”, o professor de Ci\u00eancia da Computa\u00e7\u00e3o e Engenharia da The Ohio State University Srinivasan Parthasarathy falou sobre como informa\u00e7\u00f5es coletadas em redes sociais, como o Twitter ou o WhatsApp, podem ser usadas para ajudar a prever ou mitigar problemas relacionados a desastres naturais e epidemias.<\/p>\n

Em parceria com pesquisadores de diversos pa\u00edses, inclusive brasileiros vinculados \u00e0 Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Parthasarathy coleta e analisa informa\u00e7\u00f5es de mensagens curtas enviadas durante eventos clim\u00e1ticos extremos, como furac\u00f5es e enchentes, ou durante surtos epid\u00eamicos e usa o conte\u00fado para alimentar modelos computacionais. O objetivo \u00e9 identificar problemas antes que eles se tornem cr\u00edticos e fornecer informa\u00e7\u00f5es que possam auxiliar as equipes que prestam socorro no local a planejar estrat\u00e9gias de controle.<\/p>\n

“Se eu tenho 5 mil pessoas dispon\u00edveis para prestar socorro, preciso identificar as \u00e1reas mais afetadas e que precisam ser priorizadas. Para isso, usamos essas informa\u00e7\u00f5es coletadas nas m\u00eddias sociais em conjunto com dados f\u00edsicos que tradicionalmente alimentam os modelos de preven\u00e7\u00e3o de furac\u00e3o ou de enchentes, como velocidade do vento e press\u00e3o atmosf\u00e9rica, que s\u00e3o uma forma mais tradicional de sensoriamento”, contou o pesquisador.<\/p>\n

O grande desafio, segundo Parthasarathy, \u00e9 conseguir filtrar as mensagens que realmente s\u00e3o relacionadas com o problema em quest\u00e3o. “H\u00e1 muito ru\u00eddo nas redes sociais. Por exemplo, se nosso objetivo \u00e9 monitorar uma epidemia de dengue em uma determinada cidade, temos de ser capazes de isolar os tu\u00edtes que foram originados naquela regi\u00e3o e incluir aquela informa\u00e7\u00e3o em nosso modelo. Essa integra\u00e7\u00e3o de sensores sociais e f\u00edsicos pode produzir melhores resultados”, comentou o pesquisador.<\/p>\n

Tamb\u00e9m participaram do painel realizado durante a FAPESP Week \u00c1lvaro Montenegro, professor do Departamento de Geografia da The Ohio State University, e Jo\u00e3o Luiz Filgueiras de Azevedo, do Instituto de Aeron\u00e1utica e Espa\u00e7o (IAE), do Departamento de Ci\u00eancia e Tecnologia Aeroespacial (DCTA).<\/p>\n

Para mais informa\u00e7\u00f5es sobre a FAPESP Week Michigan-Ohio acesse .<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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